鸡子发生腺肌胃炎的根本病理原因是“免疫抑制导致的”。在当前家禽疫病诊断中，传染性支气管炎、球虫病、霉菌病等这些鸡病，均能引起鸡子显著的免疫抑制。发生免疫抑制的鸡子，在进行临床剖检诊断时，细心的兽医们会发现，鸡子的法氏囊、胸腺等免疫器官都比正常的要小一些，即免疫器官萎缩，这是鸡子免疫抑制的一种剖检症状之一。
胃酸环境
发生腺肌胃炎的鸡子，其腺胃、肌胃内的酸度大幅增强，pH值可远低至强酸标准值的范围以下。那么，在这么强的胃酸中，由于酸度值严重过低，除了幽门螺杆菌可以有限时间内存活外，绝大多数病原菌都无法耐受和在这个环境中生长繁殖。所以，用抗菌素治疗腺肌胃炎，纯粹是不懂病理和药理。给发生腺肌胃炎的鸡子使用抗菌素，对付和治疗的不是腺肌胃炎、而是肠道问题。
梭菌疯狂定植
鉴于魏氏梭菌是肠道中的长在致病菌。当机体健康、免疫力正常时，肠道中的魏氏梭菌是处于一个被抑制的动态平衡状态的，对机体不表现致病性。就是它在自然界中，也只是以芽孢的形式存在，被健康鸡子食入进入肠道后，也会被排出体外。但是，发生腺肌胃炎的鸡子产生的胃酸会破坏掉食入孢子外的保护膜，使孢子化的魏氏梭菌定植在肠道中，大量繁殖、生长和致病。
忽视饲料霉变
再者，夏天高温高湿以及饲料贮藏、运输和思维方式等导致的饲料霉变问题，也是导致腺肌胃炎的一种“共识”性的行业难题。可是，这方面的防空存在两个根源性问题，一是，各种五花八门的霉菌类产品，真正抗霉、抑霉和脱霉效果如何?不能光听厂家夸海口，不能只听宣传看产品单页，真正功效是需要打个大大的问号的!产品不行，不只是无效，它带来的负面问题更严重。
严禁以药代养
再就是，解决霉菌污染、霉菌滋生和从根源上消除霉菌的源头，才是对付霉菌、解决霉菌问题的关键和长久之计。不能图安逸，用了霉菌药了，就对霉菌问题“高枕无忧”了。这是不对的，严重鄙视这种饲养管理行为——不能用药物去替代饲养管理的精进!如果霉菌滋生和产生的源头不截断、消除，那种边用药、边食入霉菌，还是解决不了问题。因为在导致腺肌胃炎发生的诸多病因中，霉菌造成的免疫抑制和损害是严重的。
治疗别理想化
通过以上分析可知，导致鸡腺肌胃炎的季节特点、环境及温湿度、饲养方式、饲喂习惯、饲养管理、生理生化、多病原(细菌病毒寄生虫等)，决定了这个病不是某个特定的病原导致的，它就是一个综合征。那么，如果是全面防控、全面治疗，就要在每个致病因素上都下药、都采取措施，这样的处方开出来是非常大的、药费是非常高的。不仅如此，它还带来后续的问题：越治病越多，越治越难治，迫不得已——提前淘鸡!这种治疗思路是不可取的。
简单点才更好
改革开放以来，根据我国在防治“综合征”这类疾病方面的成功经验，应该以养成鸡、达标、正常出栏为目的，有效控制1～2个主病因，然后适当调理：鸡子紊乱的生理、生化功能，使它们不要偏离机体正常范围太远。这样的治疗思路，既可达到有效控制死亡，又不至于使机体病情恶化，并确保主要生产绩效、经济效益等指标能如期和如愿达成。因此消除霉菌，解除或降低免疫抑制水平;抑制胃酸分泌，消除酸中毒和肠道功能紊乱源头。
